Anti-HBc IgM是B型肝炎「近期感染」的指標，通常出現於B肝感染的早期，持續數個月後消失。因此Anti-HBc IgM陽性至少代表二個意義：一是「初次感染」，二是「近期感染」。臨床上常在急性肝炎發作時檢驗本項目，藉以診斷肝炎是否因感染B肝病毒引起。對急性肝炎患者而言，Anti-HBc IgM和HAV IgM同樣重要，因為可藉此釐清急性肝炎的感染源是A肝或B肝（急性C型肝炎要以PCR來確認）。HAV IgM陽性代表急性A肝，只要治療得當，預後甚佳。Anti-HBc IgM陽性代表近期感染B肝，至於預後是否良好要視病程的發展而定。大部份人在痊癒後會順利產生抗體，終身免疫。但另外一些人會演變成慢性肝炎，並潛藏著日後發展成肝硬化或肝癌的威脅。